Поред штетних материја, у канализацији има безброј бактерија и вируса. Због тога се дезинфекција хлором широко користи за убијање бактерија и вируса у води током фазе ефлуента воде из славине и постројења за пречишћавање отпадних вода.
У третману индустријске циркулишуће расхладне воде, хлор се такође користи за стерилизацију и уклањање алги. У процесу циркулације воде за хлађење, услед испаравања дела воде, хранљиве материје у води се концентришу, а бактерије и други микроорганизми ће се умножавати у великим количинама и лако формирати слузаву прљавштину. Превише прљавштине слузи ће довести до зачепљења цеви и корозије.
Хлорисање обично укључује убризгавање хлора у воду како би се убиле бактерије и други микроорганизми, обично у флашираном хлору.
Да би се одржао бактерицидни ефекат, резидуални хлор треба увек држати на {{0}}.5 ~ 1мг/Л у испуштеној води и на крају водоводне мреже на 0 0,05 ~ 0,1 мг/Л.