Одржавање чистоће базена је кључно за спречавање ширења болести, избегавање незгода и спречавање инфекција. Свеобухватно чишћење базена се препоручује најмање једном недељно, посебно у сезонама честе употребе. Редовно чишћење укључује не само прање куглица филтера већ и проверу квалитета воде, чишћење зидова и пода базена и друге опреме као што су пумпе и системи за филтрирање.