Важно је да редовно чистите свој базен ФилтерБаллс како бисте спречили њихово зачепљење и неефикасност. У зависности од величине вашег базена и количине коју користи, можда ћете морати да чистите ФилтерБаллс често једном недељно или најмање једном месечно. Да бисте очистили своје ФилтерБаллс, једноставно их уклоните из филтера и исперите их цревом.
Такође их можете потопити у канту воде са сапуном за темељније чишћење. Обавезно потпуно исперите сапун пре него што лоптице вратите у филтер.