Принцип дезинфекције натријум хипохлорита углавном укључује три аспекта:
Хипохлорна киселина се формира хидролизом, а хипохлорна киселина се даље разлаже и формира нови еколошки кисеоник. Снажно оксидационо својство новог еколошког кисеоника денатурира супстанце као што су протеини на бактеријама и вирусима, убијајући тако патогене микроорганизме.
Хипохлорна киселина може да продре у бактерије (вирусе) и реагује са органским полимерима као што су бактеријски (вирусни) протеини, нуклеинске киселине и ензими, убијајући тако патогене микроорганизме.
Хлоридни јони произведени хипохлорном киселином могу значајно да промене осмотски притисак бактерија и вируса, узрокујући да њихове ћелије изгубе активност и умру.